Hasta el momento se han identificado cinco tipos de lagos:
Los más oligotróficos son característicos de las cabeceras de las cuencas con composición litológica poco soluble, situadas en las cordilleras de Sayan, en las cotas más elevadas de la cordillera de Altai (en el Parque Nacional Altai Tavan Bogd en las provincias de Bayan-Ulgii y Khovd) y también en las montañas Khangai. En las vertientes meridionales de Sayan se encuentra el lago Khuvsgul y alguno de los lagos cercanos situado más hacia poniente como el Deed Tsagaan. En Altai los lagos Khoton, Khurgan, Dayan, Tolbo, Tal y Duruu. En las vertientes septentrionales de Khangai el lago Bayan (Zavkhan), entre dunas de arena, y el Terkhiin Tsagaan (Arkhangai), originado por el represamiento del río Khoid Terkh que produjeron las coladas de lava surgidas del volcán Khorgo. En Bulgan se encuentra el lago Sharga, también merecedor de formar parte de este grupo. Estos lagos oligotróficos suelen ser profundos y poseen aguas muy transparentes.
Los lagos mesotróficos o eutróficos se encuentran generalmente en zonas más bajas alimentados por aguas más cargadas en nutrimentos. Pertenecen a este tipo los lagos Buir (Dornod), Duuz (Sukhbaatar), Ogii (Arkhangai), Khar-Us, Dalai y Khar (Khovd) y Achit (Bayan-Ulgii). Son lagos no muy profundos y con aguas turbias por el desarrollo del fitoplancton.
El sustrato de todos estos lagos suele ser de arena o grava, aunque en los más eutróficos se acumulan limos orgánicos. El desarrollo de la vegetación es escaso, pero la riqueza de especies es elevada (Potamogeton sp. pl., Myriophyllum, Polygonum, Najas y Lemna trisulca). La comunidad de invertebrados litorales se encuentra constituida generalmente por ciclópidos y quidóridos, acompañados en ocasiones por Gammarus. Plancton con diaptómidos.

Lago Khuvsgul desde la cima del Khisaa, característico del tipo 1.
Estas masas de agua poseen una distribución muy similar a las anteriores aunque son mucho más abundantes. Las de montaña son normalmente oligotróficas y poseen características limnológicas similares a las de los grandes lagos. Las que se encuentran en zonas de taiga o en las estepas son más productivas y sus aguas pueden ser mesotróficas (aguas verdosas), o incluso eutróficas (aguas verdes), y también distróficas (aguas amarillentas, pardas o rojizas).
La profundidad es variable pero generalmente inferior a los 3 m (excepto en los lagos mayores de este tipo). El sustrato suele ser arenoso y/o limoso, y en muchos casos turboso. Muchas se encuentran rodeadas por praderías y permafrost. La vegetación suele ser abundante excepto en las más eutróficas, en las que la escasa transparencia del agua limita el crecimiento de las plantas sumergidas. Generalmente aparecen cinturones litorales de Carex (a veces también Scirpus lacustris o Phragmites), Hippuris, Myriophyllum y Polygonum, y en el fondo Elodea, Potamogeton sp. pl. y carófitos. Pueden enriquecer la comunidad otras especies, entre ellas Ranunculus sp. pl., Caltha, Nymphaea, Lemna trisulca, Utricularia y algas filamentosas. Los helófitos suelen estar afectados por el ramoneo. La comunidad de invertebrados es muy rica en el litoral de las menos eutróficas, con Gammarus, Sida, varias especies de anomópodos (particularmente quidóridos), varias especies de ciclópidos, ostrácodos y larvas de insectos. En las más eutróficas la comunidad se simplifica notablemente dando claro predominio a Gammarus. El plancton formado generalmente por anomópodos y diaptómidos (de éstos, en ocasiones coexisten varias especies).

Laguna Khunt en Zavkhan, característica del tipo 2.
Se incluyen en este grupo lagos de grandes dimensiones y relativamente profundos, cuyo régimen endorreico explica su elevado contenido en sales. Se distribuyen por territorios deprimidos y esteparios. A este grupo pertenece el lago Uvs (provincia de Uvs), el mayor en extensión de Mongolia, y otros no por más modestos menos reseñables como los lagos: Khyargas, Uureg, Airag y Durgun (también en Uvs), Buun Tsagaan (Bayankhongor), Sangiin Dalai (Khuvsgul), Ganga (Sukhbaatar), Telmen y Tsegeen (Zavkhan) y Khoh (Dornod), éste último situado en la localidad más baja de Mongolia. Algunos de estos lagos son de aguas oligotróficas y limpias, como los lagos Khyargas, Uureg, Airag, Durgun, Buun Tsagaan, Sangiin Dalai y Telmen, prácticamente carentes de vegetación con, a lo sumo, algunos restos de Potamogeton gr. pectinatus acumulados en la orilla. El resto son mesotróficos o eutróficos, con aguas verdosas o grisáceo-verdosas y asimismo con poca vegetación, representada también por P. gr. pectinatus y, además por caráceas y Enterpmorpha. La comunidad litoral de invertebrados cuenta con Gammarus, quidóridos, ciclópidos, ostrácodos y larvas de insectos. Plancton con dáfnidos, moinidos, ciclópidos y diaptómidos.
Entran dentro de este grupo lagunas someras cuyas aguas son también muy mineralizadas o saladas, pero no hipersalinas. Su distribución geográfica es mucho más amplia que la de los lagos anteriormente mencionados, ya que su presencia no se encuentra restringida a territorios situados a baja altitud; concretamente se han encontrado en zonas muy elevadas de las cordilleras de Khangai y Altai.

Lago Sangiin Dalai, representativo del grupo 3
Son muy abundantes en Mongolia y se distribuyen preferentemente por los territorios esteparios y desérticos, aunque también pueden encontrarse en zonas de taiga y en las montañas (particularmente en Altai). El sustrato suele ser arenoso-margoso o arcilloso, y la profundidad menor de 3 m. En este grupo se incluyen incluso charcas de duración efímera. Las aguas son turbias por arcillas, las cuales forman una suspensión coloidal muy estable que da coloraciones marrones, grises, lechosas o combinaciones entre ellas. En estas masas de agua domina el metabolismo heterotrófico, al tener una muy escasa representación los productores primarios como sería el caso del fitoplancton y de los macrófitos sumergidos. La comunidad de invertebrados está dominada por especies de crustáceos adaptadas a condiciones extremas tales como la desecación o la total congelación de la masa de agua. En particular destacan los grandes branquiópodos (anostráceos, concostráceos y notostráceos) acompañados de anomópodos, diaptómidos, ciclópidos, ostrácodos y hemípteros. La orla litoral de las más mineralizadas suele blanquear por la presencia de sales precipitadas y presentar vegetación halófila.

Laguna Tokhom, representativa del grupo 4
Son masas de agua muy someras y endorreicas que aparecen por las estepas y los desiertos de las provincias de Dornod, Khentii, Dundgobi, Bulgan, Bayankhongor, Gobi-Altai, Khovd y Zavkhan principalmente. Algunos son de dimensiones muy notables aunque la mayoría sólo se mantienen inundados temporalmente. La salinidad de las aguas es muy elevada y registra notables oscilaciones temporales según la fase del ciclo hidrológico, de forma que aumenta a medida que disminuye la disponibilidad hídrica y las sales se concentran, hasta llegar a formarse auténticas salmueras. A veces dominan los iones sodio y bicarbonato y se registran valores muy altos de pH a la vez que la elevada salinidad no va acompañada del característico sabor salado, tal es el caso de lagos como Dovon en Zavkhan. Estos serían los lagos conocidos como “sódicos”, propios de ambientes muy áridos y que por su particular poblamiento microbiano poseen un gran interés científico. La turbidez es variable, pero generalmente se debe a partículas inorgánicas en suspensión. Tres al menos de los lagos visitados son objeto de explotación como salinas: el lago Davst (Bayankhongor) y los lagos Oigon y Davsnii (Zavkhan). El lago Davsnii posee una potente y brillante capa cristalina de sal que se regenera espontáneamente tras haber sido objeto de extracciones gracias a los aportes subterráneos de agua hipersalina. La biota de estos lagos está compuesta por especies atalasohalofilas: algas y bacterias que forman los interesantísimos tapetes microbianos que cubren los fondos, algas de tipo planctónico que tiñen las aguas de rosado (Dunaliella), y crustáceos como Artemia, Branchinectella, Moina salina, Arctodiaptomus salinus y Metadiaptomus asiaticus. Entre los insectos se encuentran coleópteros, hemípteros y efídridos. Las partes secas de los lagos, o los propios lagos cuando se secan, dejan un deslumbrante y níveo residuo salino, en ocasiones adornado con magníficos cristales decimétricos de minerales evaporíticos, sólo estables en atmósferas hiperáridas. Entre el blanco manto cristalino, en los litorales, crecen plantas de saladar de colores muy vivos, que forman rojos y tupidos céspedes (Salicornia y afines).


Lago Davsnii, en Zavkhan. Representativo del grupo 5
El estudio de los invertebrados acuáticos constituye uno de los objetivos más sobresalientes de este proyecto. Los resultados iniciales son más que prometedores. Hasta el momento se han identificado:
- Diez anostráceos de los cualesGalaziella murae y Phallocryptus tserensodnomi son endémicos de Mongolia y nuevos para la ciencia.
- Dos branquiópodos notostráceos
- Cinco branquiópodos concostráceos
- Un haplópodo
- Tres branquiópodos ctenópodos
- Dieciséis branquiópodos dáfnidos
- Cinco branquiópodos moínidos
- Seis branchiopodos macrotrícidos, probablemente uno de ellos nuevo para la ciencia
- Treinta y seis branquiópodos quidóridos, uno de ellos, Alona flossneri es endémico de Mongolia y nuevo para la ciencia
- Cinco branquiópodos bosmínidos
- Un onicópodo
- Ventidos copépodos diaptómidos, probablemente uno nuevo para la ciencia
- Ventisiete copépodos ciclópidos
- Cuatro copépodos harpacticoides
- Cuatro copépodos harpacticoides

Triops (Branquiópodos notostráceos) recolectados en una charca en el distrito Bayan (Provincia de Tuv)
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